1- کمبود معلم و امکانات کافی گزارش تخصصی و برنامه ریزی شده در مدارس ابتدایی
2- وجود معضل هم زیستی کودکان سال اول ابتدایی با پایه ششم ابتدایی .
3-نبود برنامه های مدون و کارشناسی شده برای مردودی های پایه ی اول راهنمایی سال جاری
4- عدم توانایی آموزگاران و دبیران برای آموزش تعداد متنوع کتاب های درسی با مفاهیم متنوع در صورتی که با یک کلاس و یک معلم تدریس شود.
5-ضعف آموزشی و جبهه گیری های بعضی از همکاران
6-تفاوت زیاد سنی دانش آموزان ابتدایی مخصوصا در مناطق روستایی و عشایری که معمولا دانش آموزان در کلاس های چند پایه و مختلط (پسر و دختر ) هستند گزارش تخصصی مشکل بیشتر نمایان می شود.
7- آموزش و پرورش در کوتاه مدت امکان تامین و آموزش معلمان به ویژه برای پایه ی ششم ندارد.
8- سرمایه گذاری نظام آموزش و پرورش بر گزارش تخصصی روی شکل ساختار دوره ها می تواند مانعی بر سر راه تغییر محتوا باشد .
9- کمبود فضای آموزشی
10-بدون نظر خواهی قبلی وبرنامه ریزی قبلی می باشد.
11- تمایل نداشتن دانش آموزان به تحصیل گزارش تخصصی در همان مدرسه چون تغییر و تحولی ایجاد نمی شود.
12-فضای گزارش تخصصی زیبا سازی رده ی سنی 6تا 10 سال با نوجوانی متفاوت است
13- اختلاف سنی ، جسمی و روحی و روانی زیاد بین پایه های ابتدایی ، پایه اول تا پایه ششم
14 - همراهی معلمان با دانش آموزان از پایه اول تا سوم ابتدایی گزارش تخصصی در عمل گاهی باعث بروز مشکلاتی برای دانش آموزان و معلمان خواهد کرد .
15- اجرا نکردن طرح بصورت آزمایشی در منطقه ای محدود .
16- شتابزدگی بیش از حد اجرای ان
17- تدوین کتب پایه ششم ابتدایی هنوز به تصویب شورای عالی آموزش و پرورش نرسیده است،
18- از اندازه میز و صندلی و فضا و...... ودیگر ملزومات که بگذریم
- شصت هزار کلاس ششم ابتدایی درمدارس گزارش تخصصی نیاز است
ضمنا 600000معلم (دوره دیده ضمن خدمت کتب جدید) نیاز است
ضمن اینکه بسیاری از این مدارس به گزارش تخصصی دلیل افزایش جمعیت رتبه ی ان ها تغییر کرده وبه چارت نیروی جدید نیازمند خواهد بود که خود چند هزار نیرو را می طلبد.